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溶血栓功能
纳豆中含有溶纤维蛋白酶，即纳豆激酶，具有显著的溶栓作用，而且作用时间长，无毒副作用。
降血压成品纳豆周围的粘性物质中具有降血压作用的血管紧张肽转化酶抑制剂，因而纳豆具有预防和治疗高血压的作用。
抗肿瘤
纳豆中含有能抑制癌细胞生长的物质，为直链饱和烃，其中活性最高、含量最大的是31碳烃。另外纳豆中还含有许多活性物质，如维生素B2和维生素E等，每天食用可除去体内的致癌物质，预防癌症的发生。
抗菌纳豆芽孢杆菌对致病性大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌均有抑制作用。
预防骨质疏松
大豆经纳豆菌发酵后，会产生维生素K，其含量是其他发酵食品的几百倍。维生素K在预防和治疗骨质疏松症方面与钙有协同作用，因而纳豆具有预防骨质疏松、腰痛等疾病的功能。
提高蛋白质的消化率
由于纳豆菌能分泌淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶和脲酶等多种酶类，不仅使纳豆保持了大豆几乎不含胆固醇、必需脂肪酸含量高、营养平衡等优点，而且还使大豆蛋白质的消化率从原来的50％增加到90％以上。
抗氧化
纳豆中含有大量的抗氧化物质———异黄酮和维生素E。纳豆抑制脂肪氧化的能力高达91％，而大豆只为13％。
调节肠道纳豆菌进入肠道后，可通过生物夺氧来促进益生菌的增殖，抑制致病菌的繁殖。
其他功能
纳豆菌发酵大豆过程中可产生大量的卵磷脂、维生素K1、K2、E、B2、B6和亚麻酸等物质，使纳豆具有 抗衰老、提高记忆力的功效；纳豆在发酵过程中在大豆周围产生拉丝样的黏液物质，其主要成分为果糖和γ－多聚谷氨酸，它被覆在肠胃粘膜表面上，可保护肠胃，防止酒醉；纳豆中的活性物质可软化血管，促进肌肤光滑，因而也具有美容的功效。
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